A ciência trata de fenômenos da experiência, e Deus, o principal objeto da religião, não é dado na experiência. Qual área da ciência poderia dizer qualquer coisa sobre Deus? A física? A química? A biologia? A astronomia? Nenhuma delas. Qual área da ciência poderia "refutar" os principais postulados metafísicos da religião? Ora, se são metafísicos, isso significa que estão além da experiência, e a ciência simplesmente não pode dizer nada sobre o que está além da experiência.
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O trabalho de refutação dos postulados metafísicos da religião só pode se dar através de uma crítica da metafísica, e isso é tarefa da filosofia, não da ciência. Ademais, este trabalho só pode ser negativo, já que não é possível provar a inexistência de qualquer coisa. É necessário mostrar, como fez Kant, os limites do que é possível conhecer, a arquitetônica de nossa razão e por que somos levados a formular determinados conceitos devido à estrutura da razão e do entendimento. Por que, por exemplo postulamos o sistema de causa e efeito, por que nossa razão leva necessariamente a uma ideia de absoluto, etc.
A luta entre ciência e religião é como uma luta entre um ser material e um fantasma: as armas da ciência atravessam o espectro da religião sem atingi-la. Aqueles que defendem a "vitória" da ciência sobre a religião ainda não entenderam a natureza do debate, e sua adesão à ciência não é menos dogmática que a de seu oponente à religião.